学校创办于1977年6月，最初为福建省莆田地区师范学校福清分校，后更名为福建省莆田地区师范大专班。1978年12月，经国务院批准建立福建省莆田师范专科学校，学校成为福建省首批恢复和增设的4所师范高等专科学校之一。建校初期，为培养当时社会急需的中学师资，还曾在福清、莆田、仙游、长乐、永泰、闽清等地开设分班。因校址设在福清，1980年7月，福建省政府决定将学校更名为福清师范专科学校。因省内行政区划的调整，1983年8月，福建省政府决定将学校挂靠到福建师范大学，成为福建师大二部。1984年6月，福建省政府决定将学校定名为福建师范大学福清分校，并沿用至今。 2019年底，教师辅导员进行为期一天的水果嘉年华素质拓展主题团建活动。